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Déjà, ça ne concerne que les paquets deb installés via APT : l'option autoremove ne touchera pas à des biblis que tu aurais installées manuellement, ou qui sont fournies avec des jeux, avec Steam, etc. Rien à voir avec Wine non plus, hormis éventuellement des dépendances qui auraient changé avec une nouvelle version mais la probabilité que ça arrive et que ça pose problème est très faible.

D'autre part, autoremove ne considère a priori que les paquets qui sont en installation automatique. C.à.d. que si tu installes un paquet (A) qui entraîne l'installation d'une dépendance (B), puis que tu supprimes A, B va être supprimé par autoremove parce qu'il avait été installé automatiquement via un autre paquet. En revanche, si tu installes manuellement B (que ce soit depuis les dépôts ou un paquet deb indépendant), que tu installes ensuite A puis que tu supprimes A, autoremove ne devrait pas supprimer B étant donné qu'il a été installé manuellement.

Bref : utiliser autoremove ne devrait logiquement pas avoir de conséquences sur tes jeux.

Apt ne s'occupe que d'apt: oui c'est logique en fait, et c'est très bien. Super!
Donc il n'est pas là à détecter toutes les librairies du système comme un vieux sarkoflic, mais à gérer que ce qui passe par apt, et là je peux lui faire confiance.
C'est bien foutu. Merci!

@ Qid: tu parle de bricolage manuel  de paquet .deb là? Il me semble que les métas paquets empêchent cela.

La purge supprime effectivement les fichiers de config système d'un paquet (ceux qui sont habituellement dans /etc). Sans, ils restent en place. Généralement, quand on supprime un paquet parce qu'on n'en a plus besoin, ça ne sert à rien de garder les fichiers de config, donc on purge le paquet. Si on a modifié les fichiers de config et qu'on prévoit de réinstaller un paquet par la suite, il vaut mieux le supprimer sans le purger.
À noter que les fichiers de config perso (ceux qui sont dans ~/.config ou autre) ne sont jamais supprimés par APT, il ne s'occupe que des fichiers au niveau système, il n'y a que l'utilisateur qui a le droit de gérer ce qu'il y a dans son dossier perso.

Quant à ton exemple avec gnome-machinchose, effectivement, si on supprime un paquet qui est une dépendance d'un autre, ça va automatiquement supprimer ce dernier puisqu'il a besoin du premier pour être installé. Dans le cas du bureau GNOME, pour reprendre ton exemple, il y a un méta-paquet qui dépend de toutes les applis GNOME de base : si on en supprime une, ça supprime le méta-paquet qui correspond au bureau.