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A priori, non, les options du serveur d'affichage sont initialisées au boot, avant d'arriver à l'écran de connexion. Après, c'est possible de relancer X.org entre deux sessions ou d'avoir deux sessions graphiques indépendantes (une pour chaque bureau) mais je ne suis pas sûr qu'on puisse changer les options à la volée.

Néanmoins, pour ton problème en particulier, les réglages de dual screen sont a priori gérées par chaque environnement et tu devrais logiquement pouvoir avoir des réglages différents dans GNOME et dans XFCE au lieu de les faire dans le xorg.conf. Bon, je n'ai jamais fait ce genre de test, c'est une hypothèse au doigt mouillé...

Ça fait des années que je n'ai pas fait ça et je ne suis pas sûr de savoir lancer deux environnements différents en même temps. Mais c'est le but ? Quand tu parles d'avoir deux setups de dual-screen sur deux environnements différents au début, c'est avec les deux environnements lancés en même temps et tu veux passer de l'un à l'autre à la volée ?

Ah. Désolé, ça me dépasse.

Si tu fais un xorg.conf adapté, ça fonctionne avec GNOME ? Si c'est le cas, les paramètres d'affichage de XFCE ne permettent pas de régler une configuration différente ? Et si c'est le cas puis que tu repasses sur GNOME, il garde la configuration réglée par XFCE ou celle du xorg.conf ?